瓊脂糖介質是由半乳糖及其衍生物構成的中性物質，不帶電荷，而瓊脂膠是一種含硫酸根和羧基的強酸性多糖，由于這些基團帶有電荷，在電場作用下能產生較強的電滲現象，加之硫酸根可與某些蛋白質作用而影響電泳速度及分離效果。因此，目前多用瓊脂糖為電泳支持物進行平板電泳。
 

　　瓊脂糖是由許多更小的分子組成的異質混合物。瓊脂糖在水中一般加熱到90℃以上溶解，溫度下降到35-40℃時形成良好的半固體狀的凝膠，這是它具有多種用途的主要特征和基礎。瓊脂糖凝膠性能通常用凝膠強度表示。強度越高，凝膠性能越好。
 

　　瓊脂糖介質的優點如下：
 

　　(1)瓊脂糖凝膠電泳操作簡單，電泳速度快，樣品不需事先處理就可以進行電泳。
 

　　(2)瓊脂糖凝膠結構均勻，含水量大(約占98%~99%)，近似自由電泳，樣品擴散較自由電流，對樣品吸附極微，因此電泳圖譜清晰，分辨率高，重復性好。
 

　　(3)瓊脂糖透明無紫外吸收，電泳過程和結果可直接用紫外光燈檢測及定量測定。
 

　　(4)電泳后區帶易染色，樣品極易洗脫，便于定量測定。制成干膜可長期保存。
 

　　目前，常用瓊脂糖作為電泳支持物，分離蛋白質和同工酶。將瓊脂糖電泳與免疫化學相結合，發展成免疫電泳技術，能鑒別其他方法不能鑒別的復雜體系，由于建立了超微量技術，0.1ug蛋白質就可檢出。